به گزارش سرویس فضای مجازی خبرگزاری فارس به نقل از مشرق، در عملیات بدر در اسفندماه سال 1363 سید مصطفی خامنه‌ای فرزند رئیس‌جمهور وقت و رهبر کنونی انقلاب اسلامی شرکت داشته‌اند که به‌واسطه مفقود شدن ایشان برای مدتی در زمان عملیات، نگرانی‌هایی بین برخی از مسؤولان نظام ایجادشده بود که بعداً این نگرانی‌ها در 28 اسفند 1363 برطرف می‌شود و ایشان سالم به منزل باز می‌گردد. در خاطرات آقای هاشمی رفسنجانی دراین‌باره آمده است:
سه‌شنبه 28 اسفند 1363
«اول وقت خبر دادند که یک موشک دیگر به مناطق نظامی و حساس و استراتژیک بغداد زده‌شده. احمد آقا (سید احمد خمینی، فرزند امام) تلفنی گفت خبرگزاری‌های خارجی گفته‌اند که موشک امروز به مرکز صنعتی و نفتی الدوره در بغداد اصابت کرده است؛ گفت که مصطفی فرزند آقای آیت‌الله خامنه‌ای که در جبهه بوده اطلاعی از ایشان در دست نیست... بالاخره معلوم شد که مصطفی سالم است و به تهران برگشت.»
حضور فرزند ارشد رئیس‌جمهور در عملیات نظامی بدر به‌صورت یک نیروی رزمی عادی و احتمال مفقودالاثر شدن ایشان در آن زمان نشان از آن دارد که رهبران نظام جمهوری اسلامی از جان خود و فرزندانشان برای حفاظت از این نظام و تحکیم اسلام ناب محمدی صلی‌الله علیه و آله و سلم گذشته بوده‌اند.
